Los Beatles no parecían capaces de dejar en paz uno de sus últimos singles. Grabaron varias versiones de «Let It Be» a finales de enero de 1969 en los estudios Twickenham para usarlas en un documental que también se terminaría llamando»Let It Be». Luego volvieron a grabar la canción de Paul McCartney el 31 de enero en Apple Studios en un intento de conseguir una toma final.
George Harrison añadió un solo de guitarra, grabado a través de un altavoz Leslie giratorio, el 30 de abril de 1969, y esa versión terminó prensada para su lanzamiento como sencillo producido por George Martin el 6 de marzo del año siguiente. En 1970, McCartney había regresado para agregar aún más elementos a la canción (al mismo tiempo que grababa una versión original del bajo de John Lennon), y Harrison agregó un solo completamente diferente.
Realmente, todo el proyecto requirió un largo y sinuoso camino. El ingeniero Glyn Johns produjo un par de acetatos del álbum «Let It Be» con diferentes secuencias para que los Beatles decidieran. Ambos fueron rechazados. A principios de 1970, Lennon le había entregado las cintas al segundo productor Phil Spector, quien recientemente había producido el sencillo «Instant Karma» de Lennon. Eso fue solo unas semanas antes del estreno de la película «Let It Be» que la acompaña.
La canción principal incluida en el álbum «Let It Be» terminó con aún más contribuciones de Spector. «Aproximadamente 18 meses después, después de que la banda se separó, John decidió que iba a tomar las cintas y dárselas a Phil Spector y hacer un álbum con las cintas que yo había grabado, que eran básicamente todas cintas de ensayo», dijo Johns más tarde. «Phil Spector lo convirtió en este pedazo de mierda azucarado y almibarado con cuerdas y coros por todas partes». Johns admitió a Rolling Stone que prefería su propia mezcla más básica de la canción, antes de que «Spector vomitara encima». Al final, Spector parecía saber a qué se enfrentaba: «Si es una mierda, me culparán por ello», señaló. «Si es un éxito, son los Beatles».
Muy apropiadamente, «Let It Be» fue la última pista grabada para el proyecto. Inspirado por Aretha Franklin, McCartney comenzó a escribir la canción al final de las sesiones del álbum. A finales de enero de 1969 todavía le faltaba un tercer verso. La versión grupal completa de «Let It Be» grabada el 31 de enero fue la última toma del último día de sesiones en Apple. Para entonces, los Beatles habían interpretado más de 300 canciones diferentes, sin incluir las improvisaciones no formadas.
«Let It Be» fue también la última canción lanzada por los Beatles antes de que se hiciera oficial su disolución. El siguiente sencillo de su último álbum, «The Long and Winding Road», llegó dos meses después. Desde el principio, «Let It Be» fue malinterpretado como una declaración religiosa, dada la temprana referencia de McCartney a la «Madre María». Pero se refería a su propia madre y no a la madre virgen de la tradición cristiana. Mary McCartney murió cuando Paul era solo un adolescente y él a menudo sentía su reconfortante presencia en momentos de crisis.
Estos dolorosos recuerdos de la infancia llevaron a McCartney a centrarse más intensamente en la música. También sirvieron de base para su amistad con Lennon, quien perdió a su propia madre en un accidente de tránsito. «Eso se convirtió en un vínculo muy grande entre John y yo», dijo McCartney en el documental Anthology de los Beatles. «Ambos teníamos esta confusión emocional con la que teníamos que lidiar y, siendo adolescentes, tuvimos que lidiar con ella muy rápidamente». Con todo lo demás que estaba pasando, McCartney admitió que se apoyaba en las drogas como muleta emocional.
«Estaba pasando por una época realmente difícil en el otoño de 1968», recordó McCartney en el libro de Marlo Thomas The Right Words at the Right Time. «Era tarde en la carrera de los Beatles y habíamos comenzado a hacer un nuevo álbum, una continuación del Álbum Blanco. Como grupo, estábamos empezando a tener problemas. Creo que estaba sintiendo que los Beatles se estaban separando, así que me quedaba despierto hasta altas horas de la noche, bebía, consumía drogas, iba de discotecas, como hacía mucha gente en esa época. Realmente vivía en un lado rudo y oscuro». En ese momento, la madre de McCartney, víctima de cáncer de mama, llevaba muerta 10 años.
«Fue genial verla porque eso es algo maravilloso de los sueños: realmente te reúnes con esa persona por un segundo», le dijo McCartney a Barry Miles en Many Years From Now. «Ahí están y parece que ambos están físicamente juntos otra vez. Fue maravilloso para mí y ella fue muy tranquilizadora. En el sueño dijo: ‘Todo estará bien'». No estoy seguro de si usó las palabras «déjalo ser» (‘let it be’), pero esa fue la esencia de su consejo. Fue: «No te preocupes demasiado, todo saldrá bien». … Entonces, eso me llevó a escribir la canción ‘Let It Be’. Literalmente comencé con ‘Madre María’, que era su nombre, ‘cuando me encuentro en tiempos de problemas’, en los que ciertamente me encontré». Este fue sin duda uno de esos momentos en los que la banda de McCartney se desmoronaba.
«Creo que la gente estaba exagerando en el uso de sustancias; nosotros ciertamente lo estábamos», dijo McCartney al Salt Lake Tribune en 2011. «Era algo común. Era la moda, y cualquiera que recuerde esa época lo sabrá. Y creo que me estaba excediendo un poco con todo el asunto, cansándome y emborrachándome bastante. Y una noche me fui a la cama y tuve una especie de noche inquieta».
«Let It Be» se convirtió en un éxito de ventas doble platino en las listas de Estados Unidos, ayudando a su álbum principal a alcanzar el puesto número uno tanto en Norteamérica como en el Reino Unido. McCartney finalmente aceptó las piadosas interpretaciones de la canción, a pesar de su significado profundamente personal. «La Madre María lo convierte en algo casi religioso, así que puedes tomarlo de esa manera, no me importa», le dijo McCartney a Miles. «Me alegra mucho que la gente quiera utilizarla para reforzar su fe. No tengo ningún problema con eso. Creo que es fantástico tener cualquier tipo de fe, especialmente en el mundo en el que vivimos».
Más tarde, los Beatles reeditaron «Let It Be» en formas más simplificadas en «Anthology 3» de 1996, «Let It Be… Naked» de 2003 y la reedición ampliada del 50 aniversario de su álbum principal en 2021. McCartney también volvió a la canción innumerables veces en concierto, incluido quizás el más memorable en los conciertos de Live Aid en 1985. Mientras tanto, la versión original del sencillo «Let It Be» incluía las únicas contribuciones conocidas de Linda McCartney en una canción de los Beatles: ella cantó coros. Más tarde, McCartney formó Wings, su banda post-Beatles, con Linda y Denny Laine de Moody Blues.